机动车登记证书丢失补办程序：1、车主带上必需资料，如身份证，驾车到当地车辆管理所；2、车辆从专门的通道开入，先检查车辆；3、车辆检查完成后，车主到检查服务处确定信息，随后到业务大厅，排号办理服务台装订手续；4、带受理凭证等材料到缴费窗口进行缴费，缴完费之后到取证窗口打印机动车登记证，补办就完成了。

办理补领机动车登记证书，机动车所有人应把车开到车辆管理所。机动车所有人为自然人办理补领《机动车登记证书》业务的，应本人到场申请，不可以委托别人代理。补办机动车登记业务需要在机动车登记地申请办理。

法律规定：依据《公安部124号令》第54条规定：机动车所有人可以委托代理人代理申请各项机动车登记和业务，但申请补领机动车登记证书的除外。对机动车所有人因死亡、出境、重病、伤残或者不可抗力等原因不能到场申请补领机动车登记证书的，可以凭相关证明委托代理人代理申领。